研究部前身是电磁成像技术研究组，从事磁共振成像电磁场问题和电磁信号检测和处理研究工作，在此基础上，研究部的工作扩展到高场磁共振成像研究，超低磁场环境和信号检测方法研究 ，新型磁颗粒成像和磁共振微成像研究等。

研究部是国内最早从事磁共振成像研究的机构，1988年研制成功国内首台磁共振成像磁体系统，1996年完成国际首台C型开放式磁共振磁体系统的研制，1997年完成了国际空间站阿尔法磁谱仪永磁体系统的建造，并于2011年永驻国际空间站进行物理学科学实验。2000年完成0.25T医用磁共振成像系统的研制，并实现产业化。

十一五期间承担多项国家自然科学基金研究项目，先后开展了磁共振电阻抗融合成像研究，磁性颗粒成像和生物组织微成像研究，建立了1.8T动植物微成像系统，nT超低磁场磁共振信号检测和成像研究平台。并承担多项企业合作项目，研制完成了从0.3T到0.5T各种医用磁共振成像仪，并实现产业化。